Depois de deixar o América de Natal no primórdio de setembro, Marquinhos Santos tem um novo time para treinar. O técnico foi o escolhido para comandar o Náutico em 2025.

Marquinhos Santos era a primeira opção da diretoria do Timbu. Outros treinadores, uma vez que João Burse, ex-Figueirense, também entraram na mira, mas a preferência era pelo ex-América.

Com longa curso uma vez que treinador, o comandante já treinou clubes uma vez que Coritiba, Fortaleza e Chapecoense. Em 2024, no América, foram 41 jogos e 19 vitórias. 

Com Marquinhos Santos no comando, o América venceu o título estadual, mas caiu na primeira chave da Despensa do Nordeste e não passou da terceira período da Despensa do Brasil. Na Série D, o Mecão foi eliminado na primeira disputa dos mata-matas, para o Retrô.